ピロリ菌は除菌治療によって除去が可能です。除菌が成功すると胃炎や胃潰瘍の再発率を大幅に低下させることができ、胃がんなどの発症リスクを下げることができます。
ただし、ピロリ菌は抗生物質への耐性を持つケースが増えてきているので、除菌治療は失敗することがあります。
失敗した場合は抗生物質を1種類変更して2回目の除菌治療を行います。
1回目の除菌治療が成功する確率は70～80%、1回目と2回目を合わせた成功率は97～98%とされています。

以前は胃カメラ検査で胃・十二指腸潰瘍などの指定された疾患が確認された場合にピロリ菌感染検査が保険適用されていましたが、平成25年2月に保険診療適用が拡大され、現在では胃カメラ検査で慢性胃炎と診断された場合もピロリ菌感染検査が保険適用されます。
さらに、胃カメラ検査時に組織を採取して行ったピロリ菌感染検査で陽性になった場合には、除菌治療も2回目まで保険適用されます。
ピロリ菌感染が疑われて受けた場合以外の胃カメラ検査でも、下記の条件を満たせば保険適用されます。

ピロリ菌の除菌治療を保険適用で受ける場合、2回目まで保険適用されます。
抗生物質に耐性を持つ場合、除菌治療は失敗する可能性があり、2回目の除菌治療は抗生物質を1種類変更して行われます。
除菌治療の成功確率は1回目が70～80%、1回目と2回目の除菌治療を合わせた成功率は97～98%とされています。
2回の除菌中量に失敗した場合、3回目の除菌治療も可能ですが、その場合は自費診療となります。

胃カメラ検査を受けていない場合は、ピロリ菌感染検査や除菌治療の保険適用はされず、自費診療になります。
また、3回目の除菌治療も保険適用されずに自費診療になります。
保険診療では使用できる薬にも制限があり、クラリスロマイシン(クラリス）とサワシリン(ペニシリン系抗生物質）以外の抗生物質を使うことはできません。ペニシリン系抗生物質にアレルギーがあり、他の薬を使う場合も自費診療になります。

胃カメラ検査を行い、慢性胃炎と診断されたらその場で組織を採取します。
採取した組織を鏡検法で調べて感染の有無を確かめ、陽性の場合に除菌治療が可能になります。